La planta baja y el claustro contienen obras de arte romano, románico y gótico. Destacan los mosaicos, las reproducciones y los jarrones encontrados en la que era la antigua Caesaraugusta.
En la planta de arriba tienen obras de los siglos XIX y XX y una pequeña exposición de arte japonés, pero lo que destaca es el espacio dedicado a Francisco de Goya.
El espacio dedicado a este pintor incluye, además de sus cuadros, obras de arte pertenecientes a estilos que le han influido: el Barroco tardío, los gustos importados por artistas franceses e italianos (destacan Van Loo, Amicono y Giaquinto) y el Rococó. También se pueden observar obras pertenecientes a su etapa de estudiante en la Academia de Dibujo.
También destacan las obras que realizo Goya en su viaje a Italia, que se pudo costear gracias a la beca de estudios en Roma convocada por la Real Academia de San Fernando y que fue determinante para la etapa de formación de este artista. Tras su viaje a Italia, Goya comenzará a ser admirado y se le encargará la decoración del Coreto de la Basílica del Pilar. Así Goya dará sus primeros pasos en la pintura religiosa. El museo también contiene las estampas que hizo Goya sobre copias de obras de Velázquez. El espacio finaliza con la etapa de Goya como retratista. Los cuadros nos muestran como Goya centraba su atención en el rostro del retratado.
Lo que sorprende de este museo es que se centra en la etapa de aprendizaje de Goya y no tanto en los años en los que ya dominaba la pintura. Por ejemplo, en las estampas que hizo sobre las copias de Velázquez observamos falta de pericia por parte del artista al aplicar la técnica, pero son esos titubeos los que le sirvieron de aprendizaje para realizar sus posteriores series de grabados que le confirman como el excepcional grabador que conocemos. Además, tenía un pequeño espacio interactivo en el que se podían pasar las páginas del cuaderno que utilizaba Goya para esbozar sus primeras obras.
