La leyenda dice que el monasterio fue construido debido a que un joven noble se salvó de la caída por un precipicio y encontró una ermita en el monte Pano. Esta ermita estaba dedicada a San Juan Bautista, y como agradecimiento por su suerte el noble decidió construir un monasterio y ponerle el nombre de "San Juan de la Peña". Este monasterio fue refugio de las comunidades cristianas asediadas por los musulmanes.
El edificio destaca por haber sufrido varios incendios y haber pasado por numerosas reformas, la más importante llevada a cabo por Sancho el Mayor. Los primeros reyes aragoneses promovieron estas reformas y, por ello, muchos están enterrados en el monasterio.
El Monasterio Viejo de San Juan de la Peña destaca por ser una excelente muestra de la arquitectura románica. Además de la iglesia prerrománica y los relieves, tienen especial interés los capiteles del claustro. Cada capitel muestra un pasaje de la Biblia, siendo el de la entrada de Cristo a Jerusalén el mejor conservado.
